تأسس المتحف بعد تأسيس الكلية مباشرة ويتبع قسم علم الحيوان ويقع بمبنى الكلية بمحرم بك. يضم المتحف مجموعة من الحيوانات المحفوظة و المحنطة و معظمها من البيئة المصرية كالأسماك النيلية – أسماك البحرين الأحمر والمتوسط - الزواحف - الطيور - الثدييات - بالإضافة إلي مجموعة من الهياكل العظمية للإنسان وبعض الحيوانات والجماجم. يضم المتحف مجموعة متميزة من الرؤوس المحنطة للوعول والغزلان المصرية والأوروبية – المتحف يعرض مجموعة متميزة من الشعاب المرجانية للبحر الأحمر ونماذج مصنعة لدورات الحياة ومراحل نمو العديد من الحشرات والحيوانات الفقارية والفقارية بالإضافة إلى العديد من الشرائح والعينات الميكروسكوبية. وتتنوع أساليب العرض مثل الدواليب الخشبية والزجاجية المجهزة بالإضاءات ولوحات التعريف واللوحات والشرائح الميكروسكوبية والعرض المباشر على بعض حوائط الممرات. إجمالي مقتنيات المتحف 224 قطعة تشمل: حيوانات محفوظة – حيوانات محنطة – هياكل حيوانية- نماذج مصنعة- خرائط ولوحات.

تأسس المتحف بعد تأسيس الكلية مباشرة ويتبع قسم النبات والميكروبيولوجيا ويقع بمبنى الكلية بمحرم بك والشاطبي. يضم المتحف عدداً كبيراً من العينات المحفوظة تمثل جميع الأمراض النباتية سواء كانت فطرية أو بكتيرية أو فيروسية أو التي ترجع لأسباب فسيولوجية معرفة تعريفا كاملا بكافة البيانات الأساسية . كما يتضمن المتحف أيضاً عينات من البذوروالنباتات التي يندر وجودها في مصر. ويشتمل المتحف علي عدد من الطحالب المحفوظة ومنها النادرة و الممثلة للبيئات المختلفة بالشواطئ المصرية. إجمالي مقتنيات المتحف 231 قطعة تضم: طحالب وفطريات وكائنات دقيقة- عينات عشبية متحفية- خرائط ولوحات

نشأت الحديقة النباتية الرئيسية مع افتتاح كلية العلوم عام 1942 إيماناً من الكلية برسالة هذه النوعية من الحدائق وتغطي مساحة فدانين داخل مبني الكلية بمحرم بك. وتشتمل أنواع عدة تنتمي لرتب وفصائل نباتية مختلفة لتكون في متناول الطالب والباحث منها عدد من الأنواع النادرة من مناطق جغرافية ومناخية مختلفة مثل المناطق الإستوائية؛ حيث يتم إكثارها والحفاظ عليها فى أربع بيوت زجاجية (صوبات) بجانب سبعة أفدنة مسطحات مفتوحة. والمناطق المفتوحة من الحديقة يزرع بها مختلف الأشجار والحوليات الشتوية والصيفية متيحة بذلك فرصة كاملة للطلاب لدراسة تلك النوعيات النباتية المختلفة. في عام 1963 افتتح للحديقة فرع ثان في مبنى الكلية بالشاطبي (نصف فدان) بجانب مسطحات منسقة (2 فدان) ليساعد على إمداد الطلاب في ذلك المبنى بحاجتهم الدراسية من العينات النباتية. وقد أصبحت الحديقة الرئيسية حالياً من أغنى الحدائق العلمية في مصر بما تحويه من النوعيات النباتية المتعددة وهي مسجلة في الإتحاد الدولي للحدائق العلمية وتشارك في الجهد العالمي للحفاظ على النباتات المعرضة للإنقراض. إجمالي مقتنيات الحديقة النباتية 500 نوع من النباتات المتنوعة التي تشمل أشجار ونباتات الزينة، وعينات عشبية متحفية. كما تقتني الحديقة عدد من الكتب المرجعية والتقارير اللازمة لدراسة مقتنياتها. للحديقة دور رئيس في البحث العلمي إذ تتيح لأعضاء الهيئة المعاونة المشاركة فى متابعة الحفاظ على مقتنيات الحديقة والتطوير، كما تتيح الحديقة الحيز المطلوب لإجراء البحوث التطبيقية والحقلية المرتبطة ببحوث علم الحيوان والحشرات والنبات والبيئة. كذلك تقوم الحديقة النباتية بدور تعليمي ومجتمعي.

تأسس المتحف أيضاً مع تأسيس الكلية ويتبع قسم الجيولوجيا ويقع بمبنى الكلية بمحرم بك. يعد المتحف أحد أهم المتاحف الجيولوجية علي مستوي أقسام الجيولوجيا بالجامعات المصرية؛ حيث ينفرد بعرض نماذج من العينات المحلية والعالمية الشهيرة. يضم المتحف عينات من الخامات الإقتصادية الموجودة في مصر و ثرواتها الطبيعية بالإضافة الى مجموعات متكاملة من المعادن والصخور الرسوبية والنارية والمتحولة سواء من الصحاري المصرية أو من مناطق مختلفة من العالم. كما يقتني المتحف نماذج للحفريات التي تميز العمر الجيولوجي بالصخور المصرية. كما يضم المتحف مجموعة خرائط جيولوجية مختلفة تبين توزيع الثروات الطبيعية بجمهورية مصر العربية وأنواع الصخور المختلفة. أجمالي مقتنيات المتحف 335 قطعة تشمل عينات من الصخور والمعادن والحفريات بالاضفة إلى خرائط ولوحات توضيحية.

تأسس المتحف سنة 1948 ويتبع قسم علوم البحار ويقع بمبنى الكلية بالأنفوشي. يتميز المتحف بالتنوع الشديد فى مقتنياته إرتباطا بتنوع التخصصات العلمية داخل القسم مثل البيولوجيا والجيولوجيا البحرية البحرية. المقتنيات غالبيتها من البحرين الأحمر والأبيض وأيضا من بحر العرب وكان مصدرها الرحلات البحرية التى يقوم بها القسم. تضم المقتنيات مجموعة قيمة من كائنات القاع المحنطة ومجموعة من الاسماك النادرة المحفوظة وكذلك بعض الهياكل للشعاب المرجانية. كما يوجد مجموعة من الصخور النادرة من الرسوبيات البحرية. من مقتنيات المتحف ايضا مجموعة من الاجهزة القديمة المستخدمة فى قياسات الفيزياء الطبيعية البحرية، كما يوجد قسم خاص لعرض مجموعة من الصور الرائعة للرحلة البحرية لسفينة الابحاث مباحث والخاصة بالقسم من امام سواحل سلطنة عمان عام 1933. أجمالي مقتنيات المتحف 134 قطعة تشمل: حيوانات محفوظة وحيوانات محنطة وصخور وحفريات ونماذج صنعة ولوحات وخرائط.

تأسست سنة 1962 وتتبع قسم النبات والميكروبيولوجيا وتقع بمبنى الكلية بالشاطبي. تعتبر معشبة كلية العلوم بجامعة الأسكندرية من بين المعشبات المصنفة عالميا فهى مذكورة ضمن المعشبات المصنفة فى Index Herbariorum (رمز المعشبة عالميا (ALEX-مما اهلها للأشتراك فى مشروع انشاء الشبكة القومية للمعشبات المصرية ضمن خطة مشاريع الأكاديمية بأنشاء الشبكات القومية للمعلومات. وتشتمل المعشبة على مجموعة كبيرة من النباتات البرية ذات الأهمية البيئية والأقتصادية والطبية المحفوظة بطريقة علمية فى دواليب خشبية صنعت خصيصا لهذا الغرض. وهذه العينات تم جمعها منذ ثلاثينات القرن الماضى من منطقة الساحل الشمالى والدلتا وجنوب سيناء وكل من الصحراء الشرقية والواحات وجنوب مصر وهى معرفة تعريفا دقيقا بالأستعانة بكتب الفلورا والمتخصصين وتسهم المعشبة فى إتاحة الأطلاع والفحص وتعريف النباتات البرية والطبية لمن يرغب من الباحثين وتقديم مستند معتمد بذلك من كلية العلوم - جامعة الاسكندرية. إجمالي مقتنيات المعشبة 9706 عينة عشبية متحفية بالاضافة إلى مجموعة من اللوحات التوضيحية.