تم توقيع بروتوكول تعاون بين جامعة الإسكندرية ومحافظة مطروح لبدء تشغيل فرع الجامعة بمطروح ويتضمن البروتوكول بدء الدراسة بكليات الطب البيطرى والسياحة والفنادق والتمريض مع بداية العام الدراسى 2009/2010.بالإضافة إلى كليتى التربية والزراعة الصحراوية القائمتين من قبل وكليتى التربية والتجارة بالتعليم المفتوح، وشمل الاتفاق افتتاح فرع للمعاهد التكنولوجية طبقا لاحتياجات المحافظة.من المقرر أن تتم الدراسة بكلية التمريض داخل قاعات مركز الإغاثة والطوارئ برأس الحكمة وكلية الطب البيطرى بكلية الزراعة بمنطقة فوكه، والسياحة والفنادق بالمدرسة الفندقية بمطروح بشكل مؤقت لحين الانتهاء من إنشاء مبانى الكليات على الأرض التى خصصتها المحافظة لإنشاء فرع الجامعة على مساحة 50 فدانا بالكيلو 9 بمدخل مدينة مطروح، إضافة إلى تخصيص مساحة أرض أخرى داخل المدينة لإقامة أقسام إدارية وسكن لأعضاء هيئة التدريس

فروع الكليات التى بدأت فى الدراسة (من 1993 إلى 2009)
كلية التربية (1993)
كلية الزراعة (2006)
وقد ساهمت هذه الكليات فى هذا الفرع منذ نشأتها وحتى الآن في العديد من المشاريع التنموية في المحافظة والمناطق المحيطة , كما انها توفر المشورة الفنية في مجال الزراعة والدواجن والانتاج الحيواني وصناعة الالبان. كما تجري أيضا عدة دورات تدريبية في المجال نفسه والتدريب في مجال التكنولوجيا والصناعة الغذائية ، وبخاصة في مجال زراعة الزيتون. و جاء التعاون مع محافظة مطروح مع خمسة مصانع صغيرة ، و أماكن مخصصة لزراعة التين ، بالإضافة إلى مشاريع زراعية صغيرة الحجم. هذه المرافق توفر الخدمات وفرص العمل للنساء والخريجين الجدد.

فروع الكليات التي تمت الموافقة عليها مع بداية الدراسة (السنة الدراسية 2009/2010)
وقد وافق المجلس الأعلى للجامعات على إنشاء ما يزيد عن 3 كليات:

كلية الطب البيطري : حيث أنها جزء مماثل لكلية الزراعة في صحراء فوكا.
كلية التمريض : لتوفير متطلبات قطاع الصحة فيما يتعلق بالتمريض , و وفقا لاحتياجات المحافظة
كلية إدارة الفنادق : حيث أن قطاع السياحة من القطاعات الواعدة في المحافظة.
عدد الطلاب في كل كلية يتراوح ما بين 50-75 طالبا وفقا لدراسة عدد الطلاب المسجلين في تلك المدرسة الثانوية ، و وفقا للمتطلبات التربوية والعلمية.
بالإضافة إلى نظام التعليم المفتوح في كليات التربية ، التجارة والآداب و التى تمت الموافقة عليه من قبل المجلس الأعلى للجامعات لقبول الطلاب في محافظة مطروح دون تقييد بشرط الخمس سنوات للانضمام الى نظام التعليم المفتوح.
 

و قد تم انشاء كلية الزراعة في فوكا على مساحة 11 فدانا ومزرعة تجريبية على مساحة 3 أفدنة. وقد تم تجهيز بناء الكلية بالمختبرات اللازمة مثل (الكيمياء ، النبات ، الأراضي ، وعلم الوراثة) وأدواتها اللازمة. وأعدت جميع هذه المختبرات بالمعدات ، و الأدوات والمجاهر الخاصة بالدراسات العملية. و تعد مختبرات الكمبيوتر مكتبة مجهزة بالكتب والتكنولوجيا الحديثة. و قد تم تأسيس سكن لأعضاء هيئة التدريس ، والمطاعم ، وعيادة طبية ومهجع للطلاب في عام 2006. كما تم إنشاء مزرعة الانتاج الحيواني لأغراض الدراسة في عام 2006.
نظمت جامعة الإسكندرية الدراسة والبرامج التعليمية التي أقرها المجلس الأعلى للجامعات لتأسيس كلية الزراعة. الكلية تعمل ايضا على تطوير تربية الدواجن والماشية وتربية الأحياء المائية.

الموقع الرسمى لفرع الجامعة : 
http://www.matrouh.alexu.edu.eg