نشأت فكرة انشاء فرع جامعة الاسكندرية بجوبا جنوب السودان بعد زيارة الرئيس المصرى عام 2003 حيث اكد المسئولون فى الحكومة السودانية رغبتهم فى إنشاء فرع لجامعة الإسكندرية فى جنوب السودان على غرار فرع جامعة القاهرة فى الخرطوم.

وانطلاقاً من إيمان جامعة الإسكندرية بدورها القومى والريادى، أخذت كلية الزراعة زمام المبادرة وأجرت عدة اتصالات ودراسات للوقوف على طبيعة المنطقة بجنوب السودان والاحتياجات الملحة لأبناء الجنوب، وقد تم تعديل مقر الفرع من مدينة جوبا إلى تونج بولاية واراب فيما بعد.

وتقوم فكرة انشاء فرع لجامعة الإسكندرية بجنوب السودان على تحقيق الأهداف الآتية:

-خدمة المجتمع والبيئة المحيطة بالجامعة فى دولة جنوب السودان.

-تقديم خدمة تعليمية متميزة وفقاً لأحدث التقنيات العلمية الحديثة.

-الرعاية الصحية والاجتماعية المتكاملة للطلاب الدارسين.

وقد صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 99 لسنة 2010، بإنشاء فرع جامعة الإسكندرية بدولة جنوب السودان متضمنة 4 كليات وهم: الطب البيطري، الزراعة، التربية، والتمريض.

وضع الطلاب المقيدين حالياً بفرع الجامعة بتونج:

تم استضافة طلاب فرع الجامعة بتونج للدراسة بجامعة الاسكندرية، على أن تتم عودتهم لاستكمال دراستهم في مقر الجامعة بجنوب السودان فور افتتاح الفرع،، وتم تسكينهم بالمدن الجامعية.

أعداد طلاب جنوب السودان المقيدين بكليات فرع الجامعة –تونج منذ نشأته